Depuis les années 1990, il réalise des drames relationnels subtils dans lesquels la parole devient musique visuelle et poésie spatiale. Les films classiques de Mouret ne s’inscrivent dans aucun courant de pensée. Longtemps resté dans l’ombre, le réalisateur a connu ces dernières années une plus grande notoriété avec plusieurs nominations aux Césars.
Le deuxième long métrage de Mouret, Vénus et Fleur (2004), est une comédie estivale et nostalgique, qui rappelle l’œuvre d’Éric Rohmer. L’Art de l’amour (2011), léger mais profond, est une surprenante histoire d’amour divisée en dix chapitres. Avec Mademoiselle de Joncquières (2018), comédie de mœurs interprétée par Cécile de France, Mouret a créé sa propre version du conte d’amour de Denis Diderot. Situé dans la campagne française, Les Choses qu’on dit, les Choses qu’on fait (2020) entraîne le spectateur dans tout un cosmos de relations. Dans son dernier film, Chronique d’une liaison passagère (2022), deux personnes, interprétées par les incroyables Sandrine Kiberlain et Vincent Macaigne, se rencontrent dans un bar et décident d’entamer une relation avec un postulat plutôt inhabituel concernant le sexe, la cour et l’avenir ensemble.